La chiesa di San Giovanni Battista attigua al cimitero monumentale, fu la prima parrocchia del nuovo insediamento della città di Bosa. Fu edificata per volere di due nobili, probabilmente nel 1122 e fu anche l'ultima dimora di molti suoi abitanti. Infatti la pavimentazione, costituita da 62 lastre di calcare, corrispondono ad altrettante tombe. L'esame della struttura fa supporre che sia stata edificata in diversi momenti.
Nel XIV secolo una mano poco esperta affrescò le pareti con figure andate poi parzialmente perdute. AL XVII secolo risale la costruzione dell'ultima campata del presbiterio rettangolare, sopraelevato rispetto alla navata e caratterizzato da una volta a botte spezzata e la sacristia.